X-MEN: FIRST CLASS luotaa X-Men-saagan eeppistä alkutaivalta ja paljastaa kuulujen tapahtumien salaisia taustoja.
Ennen kuin mutantit olivat paljastaneet itsensä maailmalle ja ennen kuin Charles Xavier ja Erik Lensherr ottivat käyttöön nimet Professori X ja Magneto, he olivat vielä vasta hiljattain voimansa löytäneitä nuorukaisia. Ensi alkuun he eivät suinkaan olleet arkkivihollisia, vaan itse asiassa hyviä ystäviä, jotka taistelivat yhdessä muiden mutanttien (joidenkin tuttujen, joidenkin uusien) kanssa koko maailmaa uhkaavaa tuhoa vastaan. Taistelun tuoksinassa heidän välilleen repesi syvä kuilu, ja niin sai alkunsa ikuinen sota Magneton Veljeskunnan ja Professori X:n X-Menin välillä.